成立专门的军械研究机构，是朱由检早就决定的事。
早在去年九月，他刚刚登极的时候，就让兵部成立军械司。
并且吩咐两广总督商周祚等官员搜集各式火铳，交给兵仗局测试，确定制式武器。
如今，军械司在经过各种波折之后，终于在兵部尚书袁可立支持下、由专督军械侍郎毕懋康掌管，接管兵部和工部相关机构。
不过大明军械的制造，除了兵部和工部的机构外，还有内廷衙门。被内府监兼管的兵仗局、盔甲厂、王恭厂，都有这个职责。
毕懋康在袁可立的支持下，想要把内廷这些衙门纳入军械司管辖。朱由检当然不愿意，不想让御马监兵马用的武器受到军械司制约。
所以他建立军械研究院，把工部力量引入，负责研发军械、确定制式武器的事情。
军械司的军器局等机构，就是从工部划入兵部的。而且在军械制造上，以后也有求助工部的地方。
毕懋康要不来内廷衙门的控制权，又有需要工部帮忙的地方，只能同意三方合力，组建军械研究院。
为了让军械研究院更快走入正轨，也为了打消兵部侵夺内廷职权的念头，朱由检选择在印刷上屡立功劳的吕祥，负责这个衙门。
吕祥听到皇帝的任命后，心中激动不已。
因为军械的事情，在他看来要比印刷重要的多，立下的功劳自然也更大。
只要做好这件事，他别说正式担任文思院掌院，就是把身上的百户变成世袭，都有几分可能。
但是，正因为功劳很大，责任也很重大。一旦军械出了问题，他就是被杀头祭旗，也没地方说理。
所以他怀着激动、有些忐忑地道：
“臣从未造过军械，也不懂军械研究。”
“陛下委以重任，实在诚惶诚恐。”
朱由检对他很是看重，认为吕祥熟悉自己提出的分组试验和标准规范等理念，已经成长为一个合格的科研工作者，所以耐心指点道：
“军械研究的事情，就和你在文思院研究印刷差不多。”